Nintendon virallisen Metroid-sivuston teettämä Retro Studiosin haastattelu paljasti hieman faktoja kolmannesta Metroid Primestä. Trilogian päättävässä osassa mysteerinen Phazon-materiaali näyttelee jälleen tärkeää osaa, ja peliä pelataan edelleen ensimmäisestä persoonasta. Kaunis Samus kohtaa tällä kertaa Metroidien lisäksi täysin uusia vihollisia.
Metroid Prime 3 hyödyntää ohjaimen lisäksi muitakin Revolutionin tarjoamia uusia ominaisuuksia. Retro Studios luottaa myös uuden konsolin tarjoavan tarpeeksi tehoa upean graafisen ulkoasun luomiseen. Edellisiin sarjan peleihin konseptitaidetta ja -suunnittelua tehnyt Andrew Jones on huhuista huolimatta mukana projektissa ja musiikkeja on hieman uuteen suuntaan viemässä edellisten osien musiikeista paljon kiitosta saanut Kenji Yanamoto.
Metroid Prime 3 on suunniteltu julkaistavaksi Nintendon uudelle Revolutionille vuonna 2006.