Prime 3 eroaa suhteellisen paljon sen edeltäjistä ja tämä johtuu täysin uudesta tavasta ohjata. Uusi ohjaustapa myös toimii. Samuksella on nyt helppo ja nopea katsoa ja tähdätä mihin haluaa. Lisäksi pelissä on muutamia hyviä gesture -liikkeitä, kuten energialasson heittäminen nunchakulla.

Kenttäsuunnittelultaan peli on taattua Metroid -laatua. Kokonaisuutena peli sijoituu ykkösen ja kakkosen väliin, ykkösosan ollen sarjan paras peli.