The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D:n mukana saapuu pelin Master Quest -versio, ainakin mikäli Amerikan Nintendon PR-päällikkö David Youngia on uskominen. Master Questin sisällyttämisestä kuultiin osana videohaastattelua, jossa Young kertoi yksityskohtia tulevan 3DS-pelin sisällöstä. Tämän virallisempaa tiedotetta asiasta ei ole julkaistu. Videon pääsee näkemään lähdelinkistä.
Ocarina of Time: Master Quest on julkaistu ennen tätä Gamecubelle julkaistun The Legend of Zelda: Wind Wakerin mukana tulleella bonuslevyllä. Tämä versio ei eroa tarinaltaan tai pelimoottoriltaan normaaliversiosta, mutta kaikki pelin luolastot ovat kokeneet muodonmuutoksen. Luolastojen rakenne, kohdattavat viholliset kuin myös puzzlet ovat erilaisia.
Nintendon 3DS-käsikonsolille julkaistavan The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D:n kerrottiin tällä viikolla ilmestyvän kesäkuussa, mutta varmuutta ei ole koskeeko tämä julkaisuaikataulu myös Eurooppaa.
