Mega Battle Challenge on Pokémon GOn nelivaiheinen rajoitetun ajan erikoistutkimus.
Tapahtuma alkaa asteittain ja kestää syyskuun 17. päivään asti. Kaikkien haastetehtävien suorittajat palkitaan erityislahjoilla tulevan Halloween-tapahtuman aikana.
Mega Battle Challenge sisältää Shiny Ledyban sekä Ledian ilmestymisen ja useita muita kutuja. Mega Beedrill saa myös vahvistusta taisteluvoiman lisäyksen myötä.
Mikäli Pokémon-kouluttajat taistelevat 27 miljoonassa ottelussa tapahtuman aikana, alkaa Mega Houndoom esiintyä pelissä.
Lisäksi vastassa ovat uudet raid-pomotaistelut. Cresselia on viiden tähden raid-pomo 17. syyskuuta saakka.